我們是赫爾辛基大學(xué)HiLIFE單細胞組學(xué)平臺的3個節(jié)點之一，并與功能基因組學(xué)單位(FuGU)的 Illumina測序服務(wù)一起提供以下單細胞和大量RNAseq服務(wù)。 我們的大多數(shù)文庫都使用NextSeq500高輸出75循環(huán)試劑盒進行測序，通常產(chǎn)生4億次讀數(shù)。
新聞：單細胞Western blot設(shè)備MILO(ProteinSimple)剛剛到貨，并將在夏季結(jié)束時啟動并運行。 用于PDMS芯片原型制作和小規(guī)模制造的軟光刻站也將在2018年秋季推出。
Drop-seq單細胞RNAseq。 具有條形碼微珠的這種成本有效的液滴微流體方法是在哈佛醫(yī)學(xué)院的麥卡羅爾實驗室 ( Macosko等，Cell 2015 )開發(fā)，并且我們使用Dolomite-Bio微流體裝置運行Drop-seq方案。 大約5%的輸入細胞將被條形碼化，因此如果您的起始材料至少為100 000個細胞，則此方法是合適的。 讀取序列位于poly-A mRNA轉(zhuǎn)錄物的3'末端。 如果新鮮細胞的可用性是一個挑戰(zhàn)，我們已經(jīng)測試了用于甲醇，DSP和RNAlater固定細胞的Drop-seq - 請聯(lián)系以獲取詳細信息。 我們還建立了用于細胞捕獲的Seq-Well方案，其中微孔載玻片代替小滴，由麻省理工學(xué)院的Shalek實驗室開發(fā)( Gierahn等，Nat Methods 2017 )。 對于可用細胞數(shù)量較少的樣品，由于細胞捕獲率高于Drop-seq，Seq-Well是有益的。 它只需要10.000個單元甚至更少的輸入。
FACS分選單細胞RNAseq。 如果您感興趣的細胞非常罕見并且數(shù)量有限，您還可以手動挑選或FACS將所需的細胞部分逐個細胞分選到96孔板中，使用裂解緩沖液和特異性poly-A捕獲寡核苷酸。 我們使用Drop-seq類似寡核苷酸的內(nèi)部修改協(xié)議允許匯集標(biāo)記，測序和分析管道，類似于Drop-seq。 除了目前的3'標(biāo)記協(xié)議，我們很快就會將其設(shè)置為5'標(biāo)記以及全長覆蓋版本。 請事先與我們聯(lián)系，例如Biomedicum FACS核心。
具有Drop-seq化學(xué)的批量RNAseq。 在96孔板上的FACS分選單細胞方法也可用作總RNA樣品的非常經(jīng)濟的大量RNAseq方法。 也可以裂解非常有限的細胞數(shù)的細胞級分并直接分析而無需單獨的RNA提取。
定制微流體。 除了單細胞液滴捕獲之外，具有3個壓力室/流量控制器和高速相機顯微鏡的Dolomite-Bio微流體裝置可以使用Dolomite-Microfluidics網(wǎng)絡(luò)目錄中提供的芯片設(shè)計進行各種其他測定。 將額外收取新檢測的設(shè)置成本。 我們還可以幫助阿爾托大學(xué)Micronova納米加工中心和埃斯波VTT設(shè)計和生產(chǎn)定制PDMS微流體芯片，并且在秋季期間，所有基本光刻設(shè)備也將設(shè)置到Meilahti。
DNA，RNA和文庫質(zhì)量檢查。 我們使用Perkin Elmer LabChip GX Touch HT毛細管電泳系統(tǒng)檢查DNA或RNA完整性和NGS文庫的大小和濃度，每次運行最多384個樣品，特別是對于大量樣品，LabChip非常經(jīng)濟高效且快速。
單細胞/大量RNAseq數(shù)據(jù)的生物信息學(xué)。 如果您不熟悉RNAseq數(shù)據(jù)分析，我們可以教您如何將Illumina原始FASTQ文件處理成基因組對齊的數(shù)字表達矩陣，并進一步研究生物學(xué)上有意義的細胞類型聚類和差異表達數(shù)據(jù)。 如果您對R和命令行工作不滿意，我們可以指導(dǎo)您如何使用用戶友好的CSC Chipster平臺分析您自己的數(shù)據(jù)，其中安裝了Drop-seq管道和Seurat工具，并添加了更多單細胞工具在未來。
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